女性在上廁所時疼痛，可能是由泌尿系統、消化道或盆腔的問題所導致，具體如下：1、泌尿系統疾病：若在上廁所時存在尿頻、尿急、尿痛的癥狀，考慮是由于泌尿系感染所導致，是由病原微生物造成膀胱及尿道感染而導致的尿道黏膜刺激癥狀；2、消化系統疾病：常見為痔瘡、肛裂，排便時由于腹壓的增加，會導致痔瘡痔核脫落以及肛裂的加重而出現明顯的疼痛感覺；3、盆底功能障礙：由于創傷、年齡等因素，使盆底功能障礙，失去正常的解剖形態以及生理功能，對于盆腔臟器的支撐能力的削弱。在排便時，腹壓的增加會使得陰道壁、直腸、膀胱以及子宮的宮頸等出現脫垂，牽拉盆部肌肉以及韌帶而出現疼痛的感覺。