胃鏡檢查總體來說痛苦比較小，而且有些方法可減少或避免痛苦。胃鏡檢查是現在臨床上診斷上消化道疾病常用的檢查方法，由操作者即醫生，把胃鏡從口腔或者鼻腔送到消化道包括食管、胃，一直到十二指腸降部。普通胃鏡檢查要做咽部局部麻醉，胃鏡檢查時不會痛，更多的表現是惡心、脹等不舒服。 最近幾年已經廣泛發展了無痛胃鏡，即在靜脈麻醉的情況下做胃鏡，但是能不能做無痛胃鏡，要請麻醉科醫生做專業評估。現在臨床上還有磁控膠囊胃鏡，即通過磁場控制吞進去的一顆小膠囊，可以觀察胃內有沒有病變。磁控膠囊胃鏡可以做檢查，但是目前無法取活檢。