做胃鏡是惡心，做腸鏡是疼，做胃鏡的時間較短，為5-10分鐘，做腸鏡的時間較長，為15-20分鐘。通常做腸鏡比較疼、比較難受，但有的患者感覺做胃鏡更難受，難以接受全程做胃鏡過程中的惡心，但能接受做腸鏡的疼。據不完全統計，目前做無痛胃鏡的患者占的比例是50%-60%，做無痛腸鏡的比例是70%-80%，通常患者應用麻醉緩解難受的比例，腸鏡的比例更高。所以做胃鏡的難受度因人而異，與操鏡的內鏡大夫，以及患者的配合度、患者的放松程度密切相關。所以一般是腸鏡更難受，麻醉的患者不多，而胃鏡有局麻的藥物輔助，因此胃鏡的難受度較低，接受度較高，所以認為做胃鏡比做腸鏡耐受度更好。