藥物治療無效或部分基因突變引起的腎病綜合征相對預后較差，可能最后發展為尿毒癥。部分激素耐藥型的腎病綜合征患兒對激素和多種免疫抑制劑治療無效，病情遷延不愈，長期大量蛋白尿持續不緩解，腎功能進行性下降，大概有50%的患兒10年內會進展到終末腎，需要透析治療。 先天性腎病綜合征患兒出生后3個月內發病，表現為腎病綜合征。多數先天性腎病綜合征患兒是由于編碼腎小球濾過屏障蛋白的基因突變導致，此類患兒激素和免疫抑制劑治療無效，大量蛋白尿長期不緩解，腎功能隨年齡增長逐漸減退，多數在3歲時到達終末腎，需要透析或腎移植，但此類患兒比例較小。腎病綜合征患兒中約85%為激素敏感型腎病綜合征，因此家長無需過度緊張，只要遵醫囑規律用藥，避免自行減藥、停藥、定期復查，大部分兒童都可以順利停藥，達到臨床治愈。