出現睪丸炎需要應用抗菌素進行治療，多數睪丸炎常見于細菌感染，泌尿性感染細菌都有可能會導致睪丸炎。無論是何種細菌感染或者少見的支原體、衣原體的感染，核心均是使用抗菌素治療。臨床多使用廣譜抗菌素進行治療，因為在沒有藥物敏感試驗的情況下，需要憑經驗使用廣譜抗菌素，常用的有喹諾酮類抗菌素，比如左氧氟沙星，頭孢類抗菌素，如頭孢呋辛、頭孢替尼、頭孢克肟等。因為睪丸炎最常見的細菌感染是革蘭氏陽性菌感染，所以用以上藥物效果比較好。