治睪丸炎最好的消炎藥，是喹諾酮類，代表性的藥物是左氧氟沙星，或者頭孢類的抗生素，代表性的藥物是頭孢克洛。因為睪丸炎，大部分都是在睪丸曲細精管內的細菌感染所造成，這時泌尿生殖器的感染，和尿路感染的細菌差不多，都是大腸桿菌、金黃色葡萄球菌，還有變形桿菌，所以選擇的消炎藥抗生素，能夠覆蓋上述常見的細菌。喹諾酮類藥物，在尿中的濃度高，另外容易突破血精屏障，所以為治療睪丸炎的首選用藥。但是對于18歲以下的青少年睪丸炎患者，不推薦使用喹諾酮，因為會影響骨骼的發育。如果青少年沒有頭孢或者青霉素過敏史，可以處方頭孢克洛。一般治療睪丸炎的療程，比常規的尿路感染時間長，可以用藥2-3周，直到睪丸腫脹完全消失，病人的疼痛消失，才可以停藥，否則容易復發。