扁桃體疼最常見的原因主要有病毒感染、細菌感染，治療方法具體如下：1、病毒感染：病毒感染最常見于上呼吸道的病毒感染性炎癥，比如感冒。每次感冒發作，都會有一次咽部黏膜的急性炎癥，有時可能會并發急性的扁桃體炎。此時除了用感冒藥以外，可以多喝水，注意休息，避免進食辛辣、刺激的食物，一般都可以愈合，病毒感染有自限性；2、細菌感染：若是細菌感染性的扁桃體炎，此時一般要用抗生素，可以是口服抗生素，也可以靜脈給予抗生素。在抗生素的種類方面，可以是青霉素類的抗生素，如阿莫西林、阿莫西林克拉維酸鉀、氟氯西林、哌拉西林等。也可以用頭孢類的抗生素，如一代頭孢、二代頭孢，比如頭孢氨芐、頭孢克洛、頭孢呋辛、頭孢丙烯等。此外，成年患者在非孕期、非哺乳期、非備孕的情況下，還可以使用喹諾酮類的抗生素，比如氧氟沙星、左氧氟沙星、拜復樂(鹽酸莫西沙星片)等。此外，無論是病毒還是細菌所致，都可用清熱解毒、清咽利咽的中成藥，比如三黃片、牛黃解毒片、藍芩口服液、蒲地藍消炎口服液、咽舒合劑等，都非常有效。