全飛秒治療近視眼的副作用主要包括以下幾種情況：1、眼睛干澀：全飛秒術后最常見的情況，若之前就存在眼睛較干的情況，術后眼睛干燥情況可能會更明顯，一般術后1-3個月左右會慢慢緩解；2、眩光感：夜間光線較暗時，眼前會出現眩光感，每個人情況不同，部分人可能較輕微，也可能較明顯，一般也在術后1-3個月可以逐漸緩解，甚至消退；3、角膜變薄、擴張：這種情況較嚴重也較少見，即角膜厚度不夠情況下仍然進行激光近視矯正術，可能會出現后遺癥狀，角膜會因眼壓波動而出現變薄、擴張，嚴重時候還需要進行角膜移植才能糾正這種狀況。