感染艾滋病毒之后的急性期可以出現腹瀉癥狀，多數也表現為每天大便次數增多，大便比較稀，伴有腹痛、里急后重等，通常在1-3周左右可以自行痊愈，和普通的腹瀉癥狀類似。在艾滋病毒感染后期，也就是臨床發病階段，也可以出現慢性腹瀉，這種腹瀉和普通腹瀉相比，其特點首先是病程比較長，往往持續1個月以上，其次對常規治療不太敏感，效果不好，另外伴有發燒，或者機體進行性體重下降、消瘦等癥狀，還可以伴有全身淋巴結腫大，這類癥狀和普通腹瀉有區別。 在艾滋病腹瀉患者分泌物、糞便中可以檢查到特殊病原體，比如沙門氏菌、志賀氏菌、阿米巴原蟲、隱孢子蟲、藍氏賈第鞭毛蟲等，在普通腹瀉中一般較少見到。最能準確區分是普通腹瀉還是艾滋腹瀉的方法，是做艾滋病毒抗體檢查，如果抗體陽性，主要考慮是由艾滋病引起的腹瀉。