泌尿系統結核較早出現且常見部位是腎臟，即腎結核。在早期時，由于結核桿菌對腎臟破壞較輕微，患者可以無任何臨床表現，此時如果進行超聲或CT影像學檢查，多數情況可發現有腎實質破壞的情況。如果未得到合適、正確的診治，結核桿菌對腎臟破壞繼續加重，可進入到結核系統，通過尿液進入到輸尿管和膀胱中，造成輸卵管結核和膀胱結核，患者會開始出現尿頻、尿急、尿痛或肉眼血尿的臨床癥狀。如果仍然未得到正確診治，輸尿管結合會進一步加重，導致輸尿管出現僵硬和閉塞，此時腎臟中還會有結核菌尿液，無法通過輸尿管進入膀胱。大部分患者膀胱結核逐漸痊愈，臨床癥狀也逐漸減輕，造成疾病已痊愈的假象，在臨床上稱為腎自截。實際上，此時腎臟中的結核菌感染已經較嚴重，腎實質已受到嚴重破壞。