腦炎手術后的生存時間，主要取決于患者炎癥控制的情況。若手術后腦部的彌漫性炎癥能得到較為有效的控制，此類患者也有望獲得長期生存。若通過神經外科手術，將腦部局部的炎癥進行控制，但腦部的大面積水腫性炎癥仍在進展，患者也可能會在手術后幾周內危及生命。對于腦炎形成腦膿腫的患者，及時進行手術后，應進行4-8周的抗炎治療。若腦部其他部位的炎癥得到有效控制，患者有望獲得長期生存。對于急性水腫性的腦部炎癥，有時無需進行神經外科手術治療，通過選用足量且敏感的抗生素，患者有希望得到明顯控制。對于腦炎引起的大面積腦水腫，患者出現明顯顱內壓增高，有時需進行顱骨的去骨瓣減壓，以降低患者顱內壓，使患者病情得到更好的控制。部分患者由于腦炎繼發腦膿腫，會產生較明顯的占位效應，此時需考慮進行膿腫的穿刺引流，或膿腫切除等神經外科手術。