試管嬰兒出生的嬰兒與自然受孕相同，可能發生各種出生的缺陷、畸形，部分試管嬰兒的寶寶，出生后可能會得先天性心臟病，包括腎臟的疾病、消化道的疾病、手足的發育異常等。原因是常規的試管嬰兒不進行基因篩選，部分寶寶可能會因為基因異常導致疾病發生。基因的異常不一定來自于自己的父母，可能是自己本身基因突變，導致的先天性疾病。此外并非所有的疾病均與基因有關，也可能是在發育過程中所形成，如母體在孕期是否接觸過有毒、有害物質，孕期營養、孕期保胎藥物等，均會對寶寶的身體健康產生影響，做試管嬰兒的女性孕期應加以警惕。如果寶寶有先天性心臟病，可以進行評估，出生后通過做手術治療，通常可以達到正常人的生活狀態。