女性腹部兩邊疼痛的可能原因如下：1、潰瘍性結腸炎：它的病變可以是從直腸一直到整個右半結腸的黏膜彌漫性病變，所以會引起腹部兩邊的疼痛，同時可能還會伴有黏液膿血便，該病一般通過結腸鏡的檢查，即能夠排除或者確診；2、小腸的彌漫性病變：如小腸炎癥性疾病，包括克羅恩病、腸結核等，可引起小腸的彌漫性病變，從而引起腹部兩側的疼痛，需要通過消化道造影或者腹部CT檢查確診；3、腸功能紊亂：由自主神經功能紊亂所引起的腸功能紊亂，可導致腸管痙攣性收縮或者腸管脹氣，可引起腹痛，患者可應用糾正腸功能紊亂的藥物或者補充益生菌；4、其他原因：如盆腔炎，炎癥會沿著盆腔，可能向兩側往上遷延，也可引起腹部兩邊的疼痛，甚至腰的疼痛，患者需要到婦科明確是否存在該病。