通常藥流后能恢復正常月經，影響下次妊娠的可能性較小，若多次進行藥流，存在發生其他意外的情況，次數較多，發生意外的可能性增加，甚至可能出現不孕癥。部分女性懷孕后，進行相對連續的藥流，數年后可能出現不孕。但是，不孕現象與藥流次數無關，部分女性一次藥流即可造成終生不育。同時不孕與藥流操作無關，如在正規醫院進行藥流，且術中保證衛生狀況與消毒，依然存在一定的影響。由于手術刺激造成水腫、輸卵管堵塞、子宮內膜異位癥及排卵異常等，例如女性20歲時進行了數次人流，在30歲時可能出現不孕，35歲以后排卵會出現問題。