牙齒矯正拔牙唯一存在的危害，是拔牙后出現相關并發癥。如果在拔牙前以及矯正前，制定詳細的方案以及應對措施，危害通常不存在。牙齒矯正的過程中，可能由于牙齒過多，如牙列擁擠或者上頜前突的患者，需要拔牙，否則牙齒無法排列到理想的位置，可能存在拔牙后出血、疼痛、腫脹等。另外，遠期危害，如拔牙后牙齒矯正排列不理想，在矯正完后有相應的縫隙或者牙齒咬合關系欠佳，造成矯正效果不理想。上述危害不一定存在，只要制定詳細的矯正方案，在矯正的過程中配合醫生，矯正完以后聽取醫生的意見做好保持，便可以盡量避免危害發生。