正常情況下，陰莖是在恥骨聯合前，突出于皮膚的柱狀器官。陰莖短小可能是自身發育小，或體內結構如肥胖、隱匿性陰莖等疾病而顯示變小。出現雄激素水平低下時，會導致陰莖短小，如卡爾曼氏綜合征。由先天性睪丸產生的雄激素減少，使陰莖發育受到限制。此外特殊結構變化，如包莖、過于肥胖等因素，陰莖大多在皮膚下或筋膜下包埋，需要經過手術干預。減肥后皮下脂肪組織變薄，陰莖突出體表顯示增大。另外先天疾病如尿道下裂、隱匿陰莖等先天發育不足，疾病造成陰莖短小而且彎曲。有時伴隨尿道不發育，引起尿道下裂時，需要手術治療。對于肥胖患者，需要通過減肥后，陰莖自然顯示變大。對于先天性發育不全，如卡爾曼氏綜合征，是先天性下丘腦分泌的激素不足，需要內分泌的干預治療。對于疾病如隱匿陰莖、尿道下裂，需要通過手術干預，改變和矯正陰莖的大小。