多數藥物性肝損傷可以恢復。發生急性藥物性肝損傷時，患者停用肝損傷藥物，同時應用保肝藥物1-2個月，癥狀消失，肝功能可完全恢復正常。而絕大部分慢性藥物性肝損傷患者恢復時間較長，需3個月，甚至3年的時間，肝功能逐漸好轉，癥狀逐漸消失，直至完全恢復。但若慢性藥物性肝損傷發展到了肝硬化，甚至失代償期肝硬化，這種情況恢復較困難，患者會反復出現腹水、脾臟腫大，甚至引起門脈高壓，同時出現一些肝硬化的并發癥。膽汁淤積型藥物性肝損傷患者往往表現為反復黃疸、白陶土樣大便、皮膚瘙癢等，恢復也較困難。除此之外，肝竇阻塞綜合征為特殊肝內血管受損的藥物性肝損傷，部分患者較難恢復。