甲狀腺過氧化物酶抗體過高對人體危害主要是會損傷甲狀腺細胞，導致甲狀腺細胞不能正常分泌甲狀腺激素，嚴重者會出現甲狀腺功能減退。此外，甲狀腺過氧化物酶抗體實際上也可以與人體內其它組織有同源性，可能還會攻擊到人體腦組織和腎臟，會發生比較少見的自身免疫性腦病或自身免疫性腎臟疾病，但此種情況較少見。 甲狀腺過氧化物酶是人體內甲狀腺組織合成甲狀腺素需要的酶，針對甲狀腺過氧化物酶產生的抗體，即人體發生了異常免疫攻擊。正常人不應該出現此種抗體，因為甲狀腺過氧化物酶不是液體，不是細菌、病毒，人體不應對它產生抗體，但因為免疫識別異常會產生抗體。