甲狀腺過氧化物酶升高，通常見于自身免疫性甲狀腺疾病。此外，在某些自身免疫性的其它疾病，比如類風濕關節炎，以及系統性紅斑狼瘡中，也可以見到甲狀腺過氧化物酶升高。甲狀腺過氧化物酶主要是在生物合成T3和T4的過程中，可以催化甲狀腺球蛋白酪氨酸的碘化，而甲狀腺過氧化物酶抗體可以直接對抗甲狀腺過氧化物酶，是甲狀腺組織中的自身抗體，與自身免疫性甲狀腺疾病的發生和發展呈密切相關。甲狀腺過氧化物酶抗體是診斷自身免疫性甲狀腺疾病的指標之一，它具有更好的靈敏性和特異性，是診斷甲狀腺自身免疫性疾病的首選指標。而甲狀腺過氧化物酶抗體導致的自身免疫性疾病，主要見于慢性自身免疫性甲狀腺炎，又包括慢性淋巴細胞性甲狀腺炎、無痛性甲狀腺炎，以及產后甲狀腺炎。?此外，甲狀腺過氧化物酶抗體升高，也可以見于Graves病，又稱為毒性彌漫性甲狀腺腫。