磷酸鈣結石和其它結石一樣，由于尿液中磷酸鈣結晶的析出，隨著結晶體的增加就形成了結石。結石的成因比較復雜，結石是由晶體和基質構成，其中晶體占了97%，而基質占了3%，根據晶體的不同，可以把結石分為含鈣結石、感染性結石、胱氨酸結石以及尿酸結石。結石是可以是單一成分，也可以是復合成分，結石的成因很復雜，具體如下：1、外界因素，比如自然環境因素、社會因素、天氣因素等；2、是否存在有其它系統的疾病，如內分泌疾病、尿酸增高以及代謝性疾病；3、泌尿系統的因素，主要是泌尿系統感染或者梗阻。在這三種因素的作用下，可以導致尿液的成石因素發生改變，促進結石發生的因素增加，抑制結石發生的因素減弱，進而導致尿液中的有形成分析出，從而形成結晶。磷酸鈣結石容易在堿性尿液中析出，在形成磷酸鈣結晶以后，逐步增大會形成磷酸鈣結石。