核磁共振檢查需要分部位，例如顱腦、頸椎、腰椎等。顱腦檢查根據不同臨床目的選擇掃描方式，常規顱腦檢查稱為顱腦核磁共振掃描，明確腦動脈異常，懷疑腦動脈血管異常，需要選擇腦動脈MRA檢查。懷疑腦靜脈系統異常，選擇腦靜脈MRV成像，專門檢測顱腦靜脈血管。 耳鼻喉科如果觀察內耳、耳蝸、聽神經有無異常，此時需要選擇內耳水成像，因此顱腦檢查序列較多，結合不同臨床目的進行選擇。發現腫瘤通常需要進行增強掃描，血管注入藥物觀察腫瘤血供情況。神經外科如果明確腦神經纖維束改變，需要進行神經纖維束成像，稱為DTI檢查。其它部位相同，如腹部檢查，如果懷疑膽道系統疾病，需要選擇專門的膽道系統水成像，稱為MRCP檢查。總之，根據不同臨床目的選擇具體核磁共振檢查方式。