進行磁共振檢查時患者通常無明顯痛苦，但由于大部分磁共振機器屬于狹長管道，患者平躺無法翻身，把人固定住，可能會產生一定不適感。通常情況下磁共振檢查屬于不得已為之，進行磁共振檢查是由于懷疑患者身體出現某種疾病，醫生需對疾病進行明確判斷，之后才可進行治療。患者在進行檢查前應注意，避免進食過飽、避免化妝，同時需要擁有較好的休息。因為患者進行磁共振檢查時，需要平躺于掃描架20-30分鐘無法活動，此時可能會產生疲勞不適感，但沒有痛苦感覺。