腦神經痛的原因如下：1、顱內器質性病變：建議進行頭顱核磁共振檢查，明確是否由于顱內器質性病變，如是否有腦出血、腦梗塞、顱骨骨折、顱內占位性病變、轉移瘤等，刺激、壓迫神經，產生神經疼痛的癥狀；2、頸部疾病：頸椎病、頸肩部軟組織損害可刺激、壓迫頸神經，尤其是上位三對頸神經支配頭面部，建議行頸椎核磁共振，明確是否存在延髓病變或者脊椎椎體病變。如果沒有器質性病變，頸椎小關節病變、頸肩部軟組織損害會引起大腦神經痛，建議進行相關的頸神經治療，可以緩解神經疼痛的癥狀。