口腔內長水皰有多種原因，比如皰疹病毒、自身免疫性疾病、小涎腺堵塞、外傷等，具體如下：1、單純皰疹病毒：水皰較小，但數量可能較多，起水皰之后很快破潰，破潰后形成糜爛面，糜爛面在口腔內表現為潰瘍且局部有疼痛，病毒感染具有自愈性，一般過一段時間會好，局部也可以用軟膏來加速愈合、減少疼痛；2、自身免疫性疾病：比如天皰瘡是口腔里表現為大皰，大皰破潰了之后形成較大的糜爛面，可以發生在全身所有黏膜表面，不容易好且危害較大，患者也比較痛苦；3、小涎腺堵塞：尤其在下嘴唇比較常見，可能鼓起水皰且不疼，其實是黏膜下分泌唾液的小涎腺堵塞；4、外傷：導管堵塞導致唾液分泌不出來或者不小心咬破了，唾液沒有通過導管排到口腔內，排到組織間隙內，形成鼓起的水皰，叫黏液囊腫，一般需要通過手術治療。