痰液細菌學檢查為判斷結核病療效與傳染性可靠指標，一般耐多藥肺結核患者規律治療2-3個月后，痰菌量可以明顯下降，達到細菌學檢查陰轉，患者治療時間至少需要6個月。耐多藥肺結核治療過程中臨床建議有痰患者應每月進行痰液結核菌培養，進而可根據痰菌數量以及檢測結果是否陰轉判斷療效，便于及時更改患者治療方案。 同時可根據痰菌培養結果，告知患者是否具有傳染性以及是否需繼續與家人隔離。因此原則上要求耐藥性肺結核患者每月進行痰液結核桿菌培養，不可進行痰液涂片檢查，因為痰液涂片檢測中發現細菌可能為死菌，但痰液結核桿菌培養可以培養出活菌。