痰液的細菌學檢查為判斷結核病的療效與傳染性的可靠指標。通常耐多藥肺結核患者規律地進行治療2-3個月后，痰菌量可明顯下降，而要達到細菌學檢查陰轉的患者，治療時間一般至少需要6個月。 耐多藥肺結核的治療過程中，臨床上建議有痰的患者應每月進行痰液的結核桿菌培養，進而可根據痰菌的數量及檢測結果是否陰轉判斷療效，便于及時地更改患者的治療方案。同時臨床上有較多患者會詢問自身是否仍具有傳染性，以及是否需繼續與家人進行隔離，臨床上僅能基于患者的痰菌培養結果做出相應的答復，所以原則上要求耐藥性肺結核患者每月均需進行痰液的結核桿菌培養，不可僅行痰液的涂片檢查，因為痰液的涂片檢查中發現的細菌可能為死菌，但痰液的結核桿菌培養中，僅有活菌可被培養出來。