感染性結石首先要抗感染治療，同時取出或者排出結石。只有當結石完全控制以后，感染性結石才會降低復發率，才能從根本上治療感染性結石再復發。結石和感染往往是雞生蛋，蛋生雞的關系，結石可以誘發泌尿系統感染，感染也可以再生成結石。所以治療感染性結石首先要消炎，可以通過尿細菌培養應用有效的敏感抗生素來控制感染，也可以同時應用清熱解毒、利尿通淋的中藥進行結石預防。通過多喝水，通過飲食結構改變，清淡飲食，通過應用抗生素把結石排盡以后，可以很好地預防感染性結石。往往結石存在不是一種結石，而是多種結石的混合物，如感染性結石和草酸鈣結石一并存在。所以在治療感染性結石的同時，還要降低飲食當中鈣和草酸的含量，才能從根本上控制結石的復發。