一些惡性疾病不太適合進行康復治療，如物理因子治療的禁忌癥包括惡性腫瘤，如果惡性腫瘤的患者進行物理因子治療，有可能會導致癌細胞擴散。急性炎癥期也禁用物理因子治療，會使炎癥擴散，并有出血傾向。另外，局部有金屬異物的患者和孕婦等，都不適合做物理因子治療。 運動治療的禁忌癥是關節炎的急性期，在這一時期，患者的腫脹比較嚴重，通常不會對患者進行一些運動的訓練，包括行走或者關節活動度的訓練。未愈合的骨折患者處于不穩定狀態，如果進行運動治療，會加重或者導致患者的骨折再發生。