當腹瀉患者出現發熱、腹痛，血液實驗室檢查及糞便檢查提示細菌感染時，建議使用針對革蘭氏陰性桿菌的抗菌藥物進行抗感染治療。像二代頭孢菌素、三代頭孢菌素及阿莫西林都是可以選擇的藥物。出現急性腹瀉癥狀往往是急性腸炎造成，而造成急性腸炎的病因多種多樣。既有致病的微生物，如細菌、病毒感染導致的急性感染性腹瀉，也有非感染性因素，如冷、熱、酸辣等物理化學刺激導致的急性非感染性腸炎。在出現腹瀉癥狀時，由于并不一定及時明確病因，因此也不能盲目使用抗生素類藥物。如果僅表現為腹瀉，而腹痛和發熱癥狀并不明顯，往往是非感染因素造成，口服抗生素完全無效，甚至可能會誘發腸道細菌失調，加重腹瀉癥狀。如果僅表現為腹瀉及低熱，腹痛不嚴重，伴有四肢酸痛、乏力的癥狀，往往是由病毒感染造成，抗菌素類藥物治療也無效。