妥布霉素屬于氨基糖苷類抗生素，使用氨基糖苷類抗生素的主要顧慮是其具有腎毒性和耳毒性，妥布霉素不建議長期應用。腎毒性主要是引起血尿、蛋白尿，血肌酐升高等腎功能損害。耳毒性主要是引起高頻聽力及前庭功能損害，分別表現為耳聾及眩暈。抗菌藥物長期使用可能會引起二重感染，誘發細菌耐藥。 妥布霉素臨床常用劑型為滴眼液，適用于敏感細菌所致的外眼及附屬器的局部感染。妥布霉素盡量不要長期使用，長期應用可能導致耐藥菌過度生長，甚至可引起真菌感染。妥布霉素滴眼液一般先使用一周觀察使用效果，如果療效不明顯，應及時去醫院復診。眼藥水打開以后，盡量在一個月內用完，用不完就應該丟棄，因為眼藥水對無菌的要求較高，開蓋多次使用后，藥液被細菌污染的可能性增大。