在臨床中部分尖銳濕疣患者在治療后比較容易復發，對于抽煙、喝酒以及治療期間仍有性行為，均容易導致尖銳濕疣高發。 此外，機體免疫狀態對于尖銳濕疣的復發也具有重要的作用，由于感染尖銳濕疣而導致心理壓力非常大，甚至夜間失眠，出現焦慮癥狀，機體的免疫狀態下降也會導致尖銳濕疣的復發。 尖銳濕疣感染的過程中除肉眼可以看到的疣體，還存在亞臨床感染狀態和潛伏感染狀態，亞臨床感染狀態是指有感染病毒，且有細胞學改變，而潛伏感染是指感染病毒，兩種狀態的持續存在都會加重尖銳濕疣復發。