肛瘺手術出院時間主要根據術前肛瘺的嚴重程度，以及術中肛瘺的傷口大小而定。一般肛瘺主要分為單純低位性肛瘺以及高位復雜性肛瘺，單純低位性肛瘺通常比高位復雜性肛瘺恢復時間要短，因為局部創傷黏膜比較小，所以恢復起來肉芽增生速度比較快。高位復雜性肛瘺由于跨過肛門括約肌，而且傷口的位置較深，引流障礙或者引流不暢都會導致局部組織愈合速度變慢。所以術后一定要做好傷口的換藥、引流等工作，必要時需要對增生的肉芽進行修剪，避免傷口出現假性愈合。低位性肛瘺住院時間一般在2周左右，高位復雜性肛瘺可能需要20天，甚至1個月的時間。