在做普通的根管治療時，往往肉眼看不到很多的側支根管，或者在治療時，有許多的遺漏根管，這時最好是用顯微根管，通過顯微鏡觀察，可把側支根管或者遺漏的根管找出，做好預備、根充；還有一些根尖手術需要顯微鏡的幫助下來完成。在做根管治療備洞時，有時候根管壁發生側穿，這時在顯微鏡的幫助下，來修補根管側壁。還有根尖切除，在顯微鏡的觀察下，能夠做到肉眼所達不到的效果。