碘-131治療甲亢，最常見的并發癥包括近期并發癥和遠期并發癥，近期并發癥包括甲狀腺炎、甲亢復發，遠期并發癥包括甲減、甲亢突眼等。碘-131治療甲亢后，3-6個月之內可以出現放射性的甲狀腺炎，表現為一過性的甲亢，隨之甲功逐漸降到正常。隨著時間的延長，可以出現甲減。在碘-131治療甲亢后，3-6個月之內，如果甲亢沒有控制住，可以出現甲亢復發，甚至甲亢危象。遠期并發癥主要指碘-131治療甲亢后，造成甲狀腺細胞的破壞，造成甲狀腺功能低下，表現為乏力、愛困、體重上漲、皮膚粗糙等。甲減如果促甲狀腺激素＞10μIU/ml，則需要終身用甲狀腺素片替代治療。如果促甲狀腺激素在5-10μIU/ml之間，可以根據臨床表現，酌情用甲狀腺素片治療。此外還有甲亢突眼，可以造成突眼加重、復視等。