癲癇的病因十分的復雜，但是隨著醫學科技的快速發展，大部分病因已經被人們明確認識。癲癇病因可以分為六大類，遺傳性、結構性、代謝性、免疫性、感染性，還有病因未明的因素，遺傳因素是導致癲癇，尤其是特發性癲癇的重要原因。腦部的結構異常包括先天性腦發育畸形，如無腦回畸形、巨腦回的畸形、小腦回畸形、灰質異位癥、腦穿通畸形、先天性腦積水、胼胝體發育不良、蛛網膜囊腫、小頭畸形、巨腦癥等。而代謝性疾病如苯丙酮尿癥、維生素B6依賴癥、高氨血癥、腦脂質沉積癥等也是主要的原因，免疫性疾病，如Rasmussen腦炎以及中樞神經系統感染，如細菌性腦膜炎、病毒性腦炎、腦膿腫、真菌性腦膜炎、腦寄生蟲病也是癲癇的主要原因，當然還有40%的癲癇患兒病因并不明確。