超聲對胎兒軟組織疾病的觀察比較困難，軟組織疾病是指皮膚及皮下的包塊，包括胎兒的胎記以及血管瘤，超聲上沒有辦法觀察到，需要做畸形篩查，比如做系統超聲檢查前給孕婦進行有效的溝通，告知哪些區域是盲區，并且要簽訂患者知情同意書，讓患者充分理解到問題。 無腦兒、嚴重的胸腹壁缺損、嚴重的腦膨出、開放性的脊柱裂、單心腔、致死性軟骨發育不全、先天性的唇腭裂，還有心臟問題，如心臟的大動脈轉位、嚴重的法洛四聯征等情況，超聲上能夠觀察到。