HPV感染究竟能不能打宮頸癌疫苗尚存爭議，通常如果HPV感染的型別與宮頸癌的疫苗沒有重合，也就是不被宮頸癌疫苗所覆蓋，可以注射宮頸癌疫苗。如果HPV呈陽性，陽性的種類與宮頸癌疫苗相吻合，建議不要注射宮頸癌疫苗，因為說明此時已經有該型別HPV感染，再注射宮頸癌疫苗通常無效。另外對于既往有過HPV感染，特別是與宮頸癌疫苗所覆蓋的HPV型別呈吻合的情況，注射宮頸癌疫苗究竟有沒有效果尚存爭議，有些人認為可以打，因為現在已經陰性。有些人認為注射以后，可能會減少體內對該型別HPV的抗體，如果減少對該型別的抗體，可能注射還不如不注射的效果，因為它可以減少機體的抵抗力，減少對該型別HPV的預防作用，總之較多情況下存在爭議。