結腸透析的操作流程是清洗腸道、灌透析液、中藥保留灌腸，具體如下：1、清洗腸道：將管子插進去后清洗腸道，同時測定結腸對灌洗的敏感度，將腸道清洗干凈后就可以灌腸；2、灌排透析液：灌腸時通常會選擇透析液，透析液進去大概十幾分鐘后排出。不停灌、排透析液，可以進一步清洗腸道，同時將結腸內毒素排出；3、中藥保留灌腸：清洗腸道后進行中藥保留灌腸，中藥保留灌腸一般要求病人保留30分鐘左右。常用的中藥包括大黃制劑，另外自己配的藥方如大黃、紅花、黃芪等。這些藥物對病人結腸功能穩定有一定作用，對排毒也有幫助作用。如果吸收進去，對于腎功能也有好處。此外有的人還會用尿毒清進行灌腸，也可以有一定效果。