肝門部膽管癌根治術幾乎不存在禁忌癥，若患者心肺功能良好、沒有遠處轉移，且腫瘤可切除，即可行肝門部膽管癌根治術。 該手術為疑難手術，因為癌變位置在肝門，肝門部包括肝動脈、門靜脈、膽管、腔靜脈。肝臟主要的管道結構都位于肝門，是各大管道出入的位置。若腫瘤長在肝門，則情況非常危險。另外其結構較緊密，膽管、動脈、門靜脈相互依靠，膽管上長腫瘤，極易侵犯門靜脈及肝固有動脈，所以不易切除。另外肝門部膽管癌，會向肝內生長，會侵犯肝內膽管、肝內肝組織、肝內肝動脈或門靜脈分支，這種情況多無法局部切除，只能行合并半肝或擴大的半肝切除。如長在左肝管的膽管癌，侵犯到肝總管，此時需做左半肝切除，留下右半肝。如果膽管癌是Ⅳ型，左右肝管都及肝膽管均有累及，此時需切除肝內膽管，可做擴大的右半肝或者擴大的左半肝切除。該手術切除范圍較大，并發癥發生率高，但就肝門膽管癌來講，切除的效果仍非常明顯，所以應做切除手術，建議在允許的情況下盡量切除。即便是不能根治性切除，也可行姑息性切除，這樣對病人較有益。姑息性切除即膽管腫瘤從肝門部膽管累及到肝內膽管，不能將肝臟直接切除，但對于提高病人的生存率來講，仍有意義。部分情況可以做肝移植，但若是彌漫性膽管癌，肝移植術后復發率較高。 經過臨床病例分析，肝門膽管癌的首選治療方式為手術切除，姑息性切除也較為有效。對于廣泛轉移的患者，只能做減黃手術，不能強行進行根治術，因為其死亡率較高。