長期服用熊去氧膽酸膠囊的副作用，即不良反應如下：1、胃腸道功能紊亂：主要癥狀是稀便或腹瀉，尤其是過量服用時，癥狀表現更為明顯；2、右上腹疼痛：在治療原發性的膽汁性肝硬化時，可以引起嚴重右上腹疼痛的罕見不良反應；3、肝膽功能紊亂：還包括肝膽功能紊亂，引起膽結石鈣化等較罕見情況；4、過敏反應：說明書中提到可以罕見有蕁麻疹的不良反應癥狀。去氧膽酸膠囊使用時，需要注意在用藥前向醫生描述，自己的藥物過敏史、基礎疾病、用藥史等。一方面排除用藥禁忌，另一方面避免熊去氧膽酸和現在服用的藥物之間發生不良的相互作用。此外對于妊娠前三個月的孕婦，禁止使用去氧膽酸膠囊，具有胚胎毒性的風險。同時哺乳期的婦女也需要禁止使用，因為熊去氧膽酸成分能進入母乳影響孩子，哺乳期婦女用藥以后，建議暫停哺乳，停藥一段時間以后再恢復。