甲溝炎肉芽組織的自愈，必須先要去除指甲對甲板、甲床和周圍組織皮膚的炎性刺激，避免壞死性組織感染。反復感染可以刺激周圍肉芽增生，因此先要減輕指甲的刺激，將指甲修剪規整，避免進一步刺激甲板、甲床和周圍組織。另外，甲溝炎很多是由于金黃色葡萄球菌感染引起，可以適當應用一些抗生素。在局部消腫、收斂的情況下，可以加服一些抗生素，或者是靜脈輸入抗生素。如果出現播散性、壞死性的組織感染，最終還是要通過外科手術進行解決，包括切開引流、部分拔甲，或者是甲床修整手術，切除部分或全部造成肉芽腫刺激的指甲等。此時才能先有效減輕異物對甲床和周圍組織的一些炎癥刺激，消除肉芽腫的誘因。