并無最佳方法一說，常見去除甲溝炎肉芽的方法如下：1、輕癥肉芽的去除方法：可以通過換藥、局部的護理消除，甲溝肉芽通常是甲溝炎形成的慢性炎癥，引起局部的化膿和組織增生等表現。炎癥早期，通過換藥、局部的消毒處理、濕敷，可以使炎癥消散，使比較輕的肉芽得以消除；2、重癥肉芽的去除方法：如果肉芽增生明顯，并且出現典型的嵌甲狀態，單純換藥恐怕難以消除肉芽，有時需要做肉芽燒灼，為減輕病人的疼痛，通常在麻醉狀態下，將炎癥肉芽切除，或者用電凝做燒灼；3、復發肉芽的去除方法：需要做甲溝的成形，即將肉芽包繞甲側指甲的甲根部分切除，而后重新縫合成型，避免再出現炎癥，引起肉芽的復發。