肝癌和肝囊腫實際上是兩個概念，肝癌是惡性，肝囊腫是良性。最簡單的鑒別方法可以從CT上鑒別，因為囊腫是一泡水，CT上顯示密度很低，而且沒有血管強化。而肝癌是實實在在長出來的瘤子，所以在CT上表現有不典型強化陰影實性占位，與肝囊腫完全不一樣。 核磁共振可能效果更好，因為核磁共振水成像對液體非常敏感。在T2加權時囊腫就會顯示的非常高亮，CT上肝癌沒有這個表現。肝癌是惡性腫瘤，所以往往會導致人食欲不振，進食差就可能會體重減輕，然后抽血查腫瘤指標，尤其是AFP肝癌特殊指標就會升高，而肝囊腫作為良性疾病，沒有上面的問題。