肝癌和肝囊腫都屬于肝臟占位性病變，在臨床鑒別時往往需要結合病史、癥狀、查體、化驗檢查和影像學檢查綜合分析判斷。肝癌患者一般會有肝炎的病史，而肝囊腫一般少有癥狀，僅僅在查體的時候發現。在化驗檢查上，肝囊腫患者往往肝功能正常，腫瘤指標也正常。而肝癌的患者多數合并肝功能的損害，腫瘤指標如甲胎蛋白等會有升高的表現。 在影像學上肝癌和肝囊腫比較容易區分，肝囊腫是一種囊性病變，而肝腫瘤則表現為實性病變。所以無論是在超聲、CT還是在核磁共振上，兩者典型的病變不難于鑒別診斷。