如果病人查體或者進行治療時發現腎臟膿腫，吃口服藥物效果不理想，必須靜脈應用藥物。如果囊腫較小，無法進行穿刺抽樣來診斷感染造成膿腫的病原微生物種類，就需要靜脈根據經驗來應用喹諾酮類的藥物、β-內酰胺類抗生素或者某些厭氧菌類的藥物來進行治療，絕大多數可明顯好轉。如果囊腫出現感染，也就是發生膿腫，條件允許時可做穿刺抽液做相應的膿液培養，根據膿液培養的結果來應用相應的藥物。絕大多數采用喹諾酮類的藥物、β-內酰胺類的藥物或者某些厭氧菌的藥物進行治療。進行藥物治療的同時也需要尋找造成腎膿腫的原因，是囊腫感染造成，還是由于機體其他系統異常造成機體免疫力低下而引起。往往這種情況發生在糖尿病患者身上較多，因為糖尿病容易造成尿液中葡萄糖增加，細菌容易在含有糖分增高的尿液中繁殖，從而出現泌尿系統感染。糖尿病的病人由于機體抵抗力下降容易出現腎膿腫，而且有部分腎膿腫可以在腎臟出現多發的情況。這是由于血液傳播造成，需要尋找原因才能使腎膿腫得到徹底的治療。