腎膿腫的臨床表現主要是發熱、疼痛、膀胱刺激征。腎膿腫可以有兩個來源，血源性主要是細菌從血液到達腎臟，在合適的情況下生長，導致腎膿腫。通常沒有膀胱刺激癥狀，以發熱為主。發熱可以是寒顫、高熱，體溫甚至會超過39℃。另外病人感覺腎區疼痛，一般以脹痛為主，腎區也會有壓痛和叩擊痛。沿著下尿路導致的腎膿腫，也可以表現為寒顫、高熱、局部疼痛，但往往還會伴隨膀胱刺激癥狀，病人會感覺尿頻、尿急、尿痛。所以腎膿腫的臨床表現以感染癥狀為主，感染性癥狀以發熱、寒顫、局部疼痛為主。如果是下尿路感染引起，病人還會有尿頻、尿急、尿痛等尿路刺激癥狀。