不同的真菌，以及感染的部位不同，所采取的最佳治療措施有所區別，常見的包括以下幾種：1、皮膚黏膜淺部真菌感染：一般外用乳劑，比如克霉唑軟膏、咪康唑軟膏；2、口腔念珠菌感染：一般會采取制霉菌素的片劑局部涂抹；3、腸道念珠菌感染：一般會口服制霉菌素片，而口服制霉菌素片不吸收，會產生比較少的副作用；4、陰道念珠菌感染：一般會選擇外用的栓劑，比如克霉唑，或者咪康唑的栓劑來治療，這些局部治療如果效果不好，可以配合口服氟康唑片，或者其他治療真菌的口服藥物治療；5、深部真菌感染：不同真菌感染選取的藥物有所區別，如果是念珠菌屬，一般會選擇氟康唑，但對于克柔念珠菌、光滑念珠菌基本耐藥，這種情況可能就需要選擇棘白菌素類，可以應用注射用米卡芬凈鈉、注射液醋酸卡鉑芬凈。但如果感染的是曲霉，曲霉的感染一般會首選伏立康唑，也可以應用棘白菌素類的藥物。但如果感染的是新型隱球菌，這種情況一般會首選兩性霉素B聯合氟胞嘧啶，后期可以結合氟康唑來鞏固治療。