真菌性角膜炎的治療目前在臨床上還十分棘手，根據真菌的種類不同，目前也有抗真菌性的藥物，但并不是對每一個患者都敏感，所以一旦發生真菌性角膜炎，需要請專業的角膜組醫生來進行診治。一般需要進行角膜鏡的檢查來判定是否為真菌性角膜炎，以排除只是合并有真菌感染，或者本不是真菌性感染。對于比較嚴重的真菌角膜炎患者，甚至需要全身口服藥合并治療，部分患者有可能會發生角膜穿孔，這種情況下還需要預防穿孔。對于更加嚴重的真菌性角膜炎，由于真菌菌絲的穿透力非常強，甚至需要進行全層的角膜移植。所以一旦發生真菌性角膜炎，一定要就診于專業的角膜組醫生。