單純性皰疹病毒性腦炎是臨床上的急癥、重癥，首選藥物是抗病毒藥物，抗病毒藥物又包括以下幾種：1、阿昔洛韋：是最常用也是最古老的藥物，也叫做無環鳥苷。這個藥物雖然古老，但是截至目前仍然沒有淘汰，是治療單皰腦炎的一線用藥之一；2、更昔洛韋：對于巨細胞病毒腦炎效果更好，對單純皰疹病毒性腦炎也有治療作用，對阿昔洛韋效果不好的患者仍然有效，是相對的新藥，也可以作為一線選擇，直接用更昔洛韋治療也可；3、膦甲酸鈉：是目前比較新的抗病毒藥物，對于病毒性腦炎的治療比更昔洛韋和阿昔洛韋起效更快，患者的預后也更好，也可以與更昔洛韋或者阿昔洛韋聯合使用。用這個藥的時候，需要充分水化，避免發生不良反應。除了西藥抗病毒之外，也可以用中成藥來進行抗病毒治療，靜脈用藥包括醒腦靜注射液，口服用藥包括藍芩口服液及抗病毒口服液，對于疾病也有一定的幫助，可以起到輔助治療作用。