流腦疫苗可以引起腹瀉，這是流腦疫苗一個比較少見的不良反應，常發生在注射流腦疫苗后24-48小時內，最常見是在24小時內出現，且持續時間較短，通常不會超過24小時，腹瀉的癥狀也比較輕，不容易引起脫水。如果注射完疫苗后出現腹瀉，極個別患者有可能出現比較明顯的腹瀉，出現脫水的癥狀，建議這種情況應該到醫院就診處理。流腦疫苗還可以引起其他的不良反應，如注射部位的紅、腫、熱、痛，會出現低熱，也會出現過敏反應、皮疹等。這些不良反應出現的幾率較少，而且癥狀也比較輕，持續時間通常較短，均發生在注射疫苗后24-48小時內，通常不需要到醫院處理，可自行緩解。極個別患者出現比較明顯的不良反應，如體溫在38℃以上，持續時間較長，這種情況下，需要到醫院就診，包括腹瀉在內，如果出現了脫水的癥狀，也應該到醫院就診。